表題の通りですが、WordPressのプラグインWP-PageNaviを有効にしたのに、
2ページ目以降クリックするとトップページ(index.php)に戻ってしまう現象があります。
解決方法
$paged = (get_query_var('paged')) ? get_query_var('paged') : 1; query_posts('posts_per_page=10&paged='.$paged);
このように指定した場合、posts_per_pageの記事数より
WordPress側の「設定」→「表示設定」→「1ページに表示する最大投稿数」が多い場合に発生するようです。